В начале мая 2010 года в средствах массовой информации получили широкое распространение сведения о продаже ООО «Амурские Авиалинии» авиабилетов на несуществующие рейсы по маршруту Москва (Домодедово) – Махачкала. По результатам проверки Московской прокуратурой по надзору за исполнением законов на воздушном и водном транспорте генеральному директору авиакомпании внесено представление об устранении нарушений закона, причин и условий им способствующих, а также возбуждено дело об административном правонарушении в отношении ООО «Амурские Авиалинии» по ст.14.1 ч.3 КоАП РФ за осуществление предпринимательской деятельности с нарушением условий, предусмотренных лицензией.