В соответствии с программой полёта ТГК «Прогресс МС-07» 26 апреля 2018 года в 07:08 мск была включена на торможение двигательная установка. Двигатель отработал 205 сек. В 07:42 мск корабль вошёл в плотные слои атмосферы, а в 07:51 мск несгораемые фрагменты его конструкции затонули в несудоходном районе акватории Тихого океана.