Росавиация (ФАВТ) входит в непосредственную структуру Минтранса. Руководитель агентства, если память не подводит, несет персональную ответственность за созданную в его ведомстве обстановку, а также назначается и освобождается от должности (в меру разных обстоятельств) приказом Министра транспорта РФ.
Не бывает так, чтобы части тела в составе единого организма служили разным людям!! Иначе - это уже расчлененка...