Молодцы, что собрали великое собрание, молодцы, что думаете иначе (хоть и не правильно), молодцы, что запрашиваете Минтранс. Вопрос, что может разъяснить агонизирующий Минтранс?
А вот позиция ФАВТ похоже и основана на судебном решении, а не на рассуждалках.
Никакого иного пояснения от Минтранса быть не может, коль существует судебный прецедент.

АРБИТРАЖНЫЙ СУД ГОРОДА МОСКВЫ
115191, г.Москва, ул. Большая Тульская, д. 17
Р Е Ш Е Н И Е
Именем Российской Федерации
Дело № А40-65333/2015
г. Москва
20 мая 2015 г.

Как установлено судом....
В силу действия части 2 статьи 120 Конституции Российской Федерации, статьи 2 Воздушного кодекса Российской Федерации (далее - ВК РФ), части 2 статьи 13 АПК РФ при установлении несоответствия нормативного акта иному акту, имеющему большую юридическую силу, применяются нормы нормативного акта, имеющего большую юридическую силу.
19.01.2015 вступили в силу изменения, внесённые Федеральным законом от 21.07.2014 № 253-ФЗ в ВК РФ.
Новая редакция статьи 8 освобождает участников общественных отношений в сфере гражданской авиации от обязательной сертификации аэропортов.
ФАП-98 и Административный регламент предоставления государственной услуги по организации и проведению обязательной сертификации аэропортов были приняты и вступили в силу ранее, чем вступили в силу названные изменения в ВК РФ.
Таким образом, указанные подзаконные нормативные акты, принятые на основании прежней редакции статьи 8 ВК РФ, не соответствуют действующему федеральному закону (ВК РФ) и не могут применяться в рассматриваемой ситуации.

Инквизитор, а информация -то у Вас устаревшая...Вчера Девятка отменила это решение и признала действия Росавиации незаконными. Позиция у ФАВТа была сформирована под конкретную ситуацию, с целью обосновать глупость принятых решений, не стоит придавать ей характер универсальной. Старые ФАПы действуют т.к. Они не противоречат ФЗ(ВК) и не отменены специальными нпа.(это позиция КС ВАС и ВС разных готов).